异兽魔都的故事发生在并存的两个世界中，是普通人所居住的「洞穴」和魔法师居住的世界。魔法师常常通过「门」自由出入洞穴，用洞穴的居民做魔法练习。主人公开曼就是魔法的受害者之一，头部被变成蜥蜴，也完全记不起自己是谁。为了变回人脸和找回记忆，故事就从开曼和同伴二阶堂狩猎魔法师的行动开始了。